由于在工业上，大多数水垢的成分是一碳酸钙等难溶盐的形式存在，所以以碳酸钙为例解释电磁抗垢的原理。当然，对于其他的难溶盐，电磁方法任然有效，且作用原理基本类同。

碳酸钙晶体主要分为两种结构：方解石和霰石。其中，方解石在室温下（＜30℃时）形成，呈六面体结构，而且结构松散，由于它与壁面的附着力比霰石要小得多，所以即使用弱酸就很容易将其清.除掉。而霰石在较高温度下（＞30℃时）形成，呈正交晶状结构，结构致密，很难用酸去除。具分析，当温度大于30℃时，形成的碳酸钙晶体中80%为霰石，20%为方解石。电磁抗垢的思想正是让硬水在进入换热设备之前促使碳酸钙形成方解石晶体，由于方解石晶体结构松散，不易结垢，只需要很小的流速就可以将其带走，这样就可以起到防垢的作用。

电磁抗垢的具体机理有如下两种：

在交变电磁场的作用下，晶体的结构和水分在的物理性能都发生了变化。

首先，在晶体结构方面，对于未处理的溶液，在换热器表面由于温度的影响而形成的霰石型晶体，该晶体结构致密，且附着力强，很难清.除掉。而磁场处理过的溶液，则在换热表面形成方解石晶体，这种晶体结构松散，对壁面的附着力小，很容易被具有一定流速的流体带走。另外，由于电磁场的作用，晶体和换热器壁面之间的静电场力被破坏，这样也不以利于污垢晶体的停留。

其次在电磁场的作用下，水分子原来缔结的链状大分子由于氢键的断裂而发生断裂，变成单个水分子，并且偶极矩增加，水合作用也增强，这样就使成垢的阴阳离子和晶粒被水紧密包围，难于拼接成垢离子之间的静电引力贰结合成垢。