在循环水系统或蓄水池中都有各种藻类生长，尤其是使用磷酸盐的冷却水系统如不注意对微生物的控制，藻类的繁殖生长要造成极大的危害。循环水系统中的藻类常生长在冷却塔的配水装置、塔的内壁、淋水板和支撑构件上，在热交换器内则不会生长藻类。

藻类微生物的分析测定，通常是在专门的分析室内进行，一般用以下方法进行：

（1）设备表面藻类的测定  将从设备表面取来的藻样少许，放在载玻璃片上底上一滴水，用镊子和解剖针把藻团尽量分开，盖上盖玻璃片，然后放在生物显微镜下观察，根据形态定出属名和种类。

（2）循环水中藻类的测定 取循环冷却水样1L，倒入离心管中经过离心沉淀，用细的移液管把离心管底的浮游生物取出来放在载玻片上，再用移液管取出异地离心管中的清液滴于玻片上，盖上盖玻片，放在生物显微镜下观察，根据形态定出属名和种类。