波长200-290mm的紫外线，可透过细.菌或病毒的细胞膜对控制着遗传现象和生物机能核酸（DNA）造成损伤，使它失支繁殖能力，从而达到杀.菌的目地。
　　核酸（DNA）对于波长250-260mm的紫外线，有特别容易吸收的倾向。这就是为什么这种波长的紫外线杀.菌能力的缘故。按照要杀灭的微生物所需的紫外线照射量进行来.菌处理，而又不使水质发生变化，在极短时间内进行一闪性灭.菌。而且，这种处理是在直管流通型的装置内完成的。
　　在紫外线杀.菌方面，杀.菌力的大小以相对于处理水时的紫外线照射量mw.s/cm²(紫外线照射强度[mw/cm²×时间]）来表示。紫外线照射击量的大小与杀.菌率的大小有相关关系。
　　各种微生物对紫外线的接收程度，因菌种的不同而有差异。根据以芽孢杆菌属(Bacillus)为对象(含B.subtlis)进行的工厂试验结果表明，在照射量D10=mw.s/cm²时，杀.菌率达到99.5%。为此，实际装置的设计照射量相当于D10×4，即50mw.s/cm²以上。